Ère Heian (de 794 à 1185)

En réaction à la prospérité et au pouvoir grandissant du Bouddhisme organisé à Nara, le prêtre Kūkai (空海, 774 - 835?), plus connu sous son titre posthume : Kōbō Daishi (弘法大師?) voyagea jusqu'en Chine pour étudier le Shingon (真言?), une forme de bouddhisme vajrayāna qu'il introduisit au Japon en 806. Au centre du culte Shingon, se trouvent divers mandalas, diagrammes de l'univers spirituel qui influença le style de temple. L'architecture bouddhique japonaise adopta aussi le stūpa dans sa forme chinoise de pagode.

Les temples érigés pour cette nouvelle secte ont été construits dans les montagnes, loin de la cour et des profanes de la capitale. La topographie irrégulière de ces sites obligea les architectes japonais à repenser les problèmes de construction des temples et donc à choisir plus d'éléments de décor autochtones. Des toits en écorce de cyprès remplacèrent ceux en tuiles de céramique, des planches de bois furent utilisées à la place des sols en terre et un lieu de culte séparé fut ajouté en face du sanctuaire principal pour les laïcs. Pendant l'ère Fujiwara, le bouddhisme Jōdo (淨土? bouddhisme de la « Terre pure »), qui offrait un salut facile grâce à la croyance en Amida (阿弥陀? le « Bouddha du Paradis de l'ouest »), devint populaire. En opposition, la noblesse de Kyōto développa une société dévouée à la recherche de l'élégance esthétique. Leur monde était si beau et rassurant qu'ils ne pouvaient pas concevoir que le Paradis en fusse bien différent. La salle d'Amida, mêlant le religieux et le profane, abrite une image ou plus de Bouddha à l'intérieur d'une structure ressemblant aux manoirs de la noblesse. Le hōōdō du Byōdō-in à Uji près de Kyōto (1053) Le hōōdō (« salle du phénix », achevée en 1052) du Byōdō-in (平等院?), un temple dans l'Uji (宇治市,, uji-shi?) au sud-est de Kyōto, est le type même des salles Amida de l'époque Fujiwara. Il se constitue d'une structure principale rectangulaire flanquée de deux ailes de couloirs en forme de L et d'un corridor de queue, situé à la lisière d'un large étang artificiel. À l'intérieur, une unique représentation dorée d'Amida (aux environs de 1053) est placée sur une haute plateforme. Cette sculpture a été réalisée par Jōchō (定朝? mort en 1057) qui utilisa de nouveaux canons de proportion ainsi qu'une nouvelle technique yosegi (寄木?) qui consiste à tailler une statue dans plusieurs morceaux de bois et de les assembler par l'intérieur. Sur les murs sont gravés les reliefs en bois coloré de 52 effigies des Bosatsu (Bodhisattva) qui accompagnent Amida dans sa descente du Paradis de l'ouest pour accueillir l'âme des fidèles à leur mort et les ramener dans des pétales de lotus. Cette descente, appelée raigō (来迎?), peinte sur les portes en bois du hōōdō, est un exemple précurseur du Yamato-e (大和絵? un style de peinture japonais) car elle contient des représentations des paysages autour de Kyōto. Le hōōdō est actuellement devenu un musée.